Theo Thông tư 16, loài, chủng loại dược liệu quý, hiếm là dược liệu có giá trị đặc biệt về khoa học, y tế, kinh tế, sinh thái, cảnh quan, môi trường hoặc văn hóa - lịch sử mà số lượng còn ít hoặc bị đe dọa tuyệt chủng. Loài, chủng loại dược liệu đặc hữu là dược liệu chỉ tồn tại, phát triển trong phạm vi phân bố hẹp và giới hạn trong một vùng lãnh thổ nhất định của VN mà không được ghi nhận là có ở nơi khác trên thế giới. Thông tư này áp dụng đối với các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến việc xuất khẩu dược liệu thuộc danh mục nêu trên.

Nguyên tắc xây dựng và tiêu chí lựa chọn dược liệu vào danh mục đảm bảo mục tiêu bảo vệ nguồn dược liệu quý, hiếm và đặc hữu trong tự nhiên; bảo đảm cơ sở khoa học và phù hợp với các quy định của pháp luật về quản lý thực vật rừng, động vật rừng nguy cấp, quý, hiếm; phù hợp với thực thi Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp; đáp ứng yêu cầu thực tiễn và yêu cầu quản lý nhà nước về dược liệu trong giai đoạn hiện nay.